京东纠纷单判定商家责任后，会进行退款操作。

当消费者通过京东平台进行交易后，若因该交易导致消费者权益受损，消费者有权在交易成功后向京东发起针对商家的投诉或申请交易纠纷处理，并提出退赔申请。京东依据标准判定消费者申请成立时，将会以不同的形式优先退赔给消费者，因此产生的费用将由商家承担，款项自商家结算款或保证金中扣减。