使用充电宝三天未归还，会被扣除99元押金，但此时仍需将充电宝归还。押金扣除是商家为了防止用户遗失或损坏充电宝而采取的惩罚措施，也是为了督促用户及时归还充电宝。因此，即使被扣除押金，也需要将充电宝归还，以避免造成更大的损失。