中华人民共和国大连海事局机关内设9个处室和1个办事机构：即指挥中心、监管一处、监管二处、督察处、办公室、人事教育处、财务处、党群工作部（组织部）、信息化工作办公室、政务中心。下设8个派出机构和1个所属机构：即大港海事处、大窑湾海事处、甘井子海事处、和尚岛海事处、新港海事处、旅顺海事处、执法支队、长兴岛海事处筹备组、船舶交通管理中心。