清理鱼缸底砂的粪便可以通过以下步骤进行：

1. 首先，将鱼缸中的水位降低到底砂的高度以下，以便清理。

2. 使用一个清洁器具，如一个小型的水泵或吸管，将底砂中的粪便和废物吸走。

3. 如果有必要，可以将底砂取出并用水冲洗干净，然后再放回鱼缸中。

4. 定期更换部分水，以保持水质清洁。

需要注意的是，清理鱼缸底砂时，应该尽量避免破坏底砂中的有益细菌层，以免影响水质。