如果船上发生了碰撞事故且没有海事备案，保险公司可以理赔，但这通常需要进行相应的调查和认证过程，以确定责任方和赔偿金额。

如果船只有投保相关的船舶保险，则根据保险合同约定，保险公司将在扣除免赔额（如果有）后对受损方进行相应的赔付。

但是为了避免类似情况发生，建议在航行前及时办理相关的海事备案手续和保险投保，以确保航行安全并最大限度地减少损失。