网上办理港澳通行证的流程：

1、登录出入境网站按提示要求填写好相应内容；

2、在申请的第四个工作日后，登录网站查询申请是否已受理；

3、申请受理后，申请人可以在第十个工作日后凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注。