娃哈哈杭州的水源主要来自于杭州市钱塘江、西溪湿地、灵隐寺下的龙井、金沙苑周边的山泉水等。其中钱塘江是杭州主要的水源之一，其水质受人工污染影响较大，但杭州市政府采取了多项措施保护钱塘江水质，使其满足居民用水需求。同时，西溪湿地是全国首批湿地公园之一，水质源头清晰，所以娃哈哈杭州的水源来自多种渠道，经过实验室检测合格后供应给广大消费者。