1、公鸵鸟生殖器官睾丸一对，位于腹腔内。性成熟前，有米粒大或蚕豆大性成熟后，可增至鸡蛋大。附睾细小，呈纺锤形，位于睾丸内侧缘，外包被膜。输精管为一对细长弯曲管道，末端形成扩大部和射精管，以乳头状的射精突通入泄殖腔内。无副性腺。阴茎为泄殖腔后端底壁延长的生殖隆突。性成熟前细小，性成熟后呈长舌状。

2、母鸵鸟生殖器官性成熟前卵巢呈扁平椭圆形，表面呈颗粒状，为很小的卵泡性成熟后呈葡萄串状。输卵管为粗细不匀、长而弯曲的管道，由前向后分为漏斗部、蛋白分泌部、峡部、子宫部和阴道部。