三合一过滤盒太浅，可以考虑以下几种改造方法：

增加高度：在过滤盒的上方增加一些高度，可以使用木块、塑料板等材料进行加高。这样可以增加过滤盒的深度，提高过滤效果。

更换过滤器：如果三合一过滤盒的高度无法增加，可以考虑更换一个更深的过滤器。在购买新过滤器时，需要注意过滤器的尺寸和兼容性，以确保其能够适配原有的鱼缸和水泵。

增加滤材：在过滤盒内部增加更多的滤材，如生化棉、陶瓷环等。这样可以提高过滤效果，同时延长过滤时间，减少清理次数。

无论采用哪种方法，都需要注意改造后的过滤盒是否能够正常工作，并且不会对鱼缸内的生态环境造成负面影响。建议在进行改造前，先了解相关知识和注意事项，或者咨询专业人士的意见。