农业只收不付第二次一般会冻结300天。

因为农业只收不付第二次指的是在还了第一期款项后，第二期还款未能按时到账，银行会对该账户进行冻结，直到第二期款项到账。

而根据中国银行业协会发布的相关规定，银行可以对农业户口的账户进行冻结，最长不超过300天。

此外，如果在300天内还款未能到账，银行有权利将逾期款项作为不良信用信息提交人行信用中心，对该客户的信用记录产生负面影响。

因此，建议农业户口的客户还款时一定要确保资金到账并保持良好的信用记录，以避免不必要的麻烦和损失。