磷酸盐的去除，最为常见的方法便是采用生物除磷的方法通过对剩余污泥的排放将磷酸根与污泥一同排出，从而达到除磷的目的。

其除磷的工艺包括A/O、A2/O或氧化沟等等比较有效的除磷方法，但随着国家对磷酸盐废水排放限值的提高（如0.5mg/L以内），生物法除磷的效果是无法达到排放标准的。必须采用化学除磷剂除磷与生物除磷相结合进行废水除磷才能达到效果。